隆盛等人搞出了“征韩论”， 经过御前会议讨论之后遭到了天皇正式否定。西乡等征韩五参议愤然辞职， 大批持士族立场的官员和近卫军军官也随之辞职。支持中央集权的公务员们轻松接掌了明治政府的各级官职。
到了此时，双方的矛盾已经接近不可调和的阶段。讨伐虾夷共和国的军事行动算是最后妥协的可能。在6月，发现战局不利的大久保利通就要求士族军队暂时撤出北海道。士族军队拒绝了大久保利通的建议，继续在北海道坚持作战。等战局到了无法挽回的时候，士族们就要求政府军出动，来扭转乾坤。
木户孝允承受了极大的压力，可他也没办法。虾夷共和国的海军中聚集了日本相当优秀的一批海军指挥官，他们不求歼灭明治政府的海军，而是极力拖住明治政府的海军。政府军已经无力援助。
士族军队被歼灭，双方的矛盾再也没有了缓和的可能。民间的士族们强烈要求明治政府集体辞职，由士族们选出的政府成员组成新政府。明治政府根本不可能答应这种要求，木户孝允也看透了这帮人背后隐藏的心思。
“大久保，你相信能够说服中国不支持他们么？”木户孝允把话题转回到最初的问题上。中国正在支持虾夷共和国，内战一起，保不准中国就会继续支持士族。
大久保利通答道：“你多看看来自中国的书，中国的皇帝韦泽一直在打击他们国内的封建制度，如果支持了士族，就和他的政治理念背道而驰。我认为以当下的局面，他不可能支持士族。”
“但是我们和英国结盟，士族是主张摆脱英国的控制，完成攘夷的使命。中国与英国已经打了一仗，未来应该还会继续打仗。从这个角度来看，支持士族对中国不是坏事。”木户孝允指出了他所担心的事情。
“恢复外交关系，本来就是对中国的示好。既然木户你有这样的担心，就更应该推动与中国的联络才对。”大久保利通指出了木户孝允逻辑上的错误。
当木户孝允无言以对的时候，大久保利通继续说道：“我们日本从来不是中国的藩属，我们当然需要一个能够最大程度满足日本利益的外交政策。与世界各国交流本来就对日本有好处，我并不认为中国看不明白这点。至于虾夷共和国的事情，他们曾经说过请天皇派一个德川家的人到北海道去，我们不妨答应他们，就派德川家的人去。现在局面已经到了如此地步，我们只需要承认虾夷共和国的藩属地位，让中国不能夺走虾夷共和国。以后的事情以后再说。”
“但是虾夷共和国那个新宪法……”木户孝允提出了眼下在日本引发了巨大震动的事情。明治政府还是君主制的体系与思路，虾夷共和国的新宪法中则提出了虾夷共和国的建国目的就是保证人民平等幸福的生活，不承认特权阶层的存在，以法律形势承认人人平等，不立国教，宗教自由。这样的政治理念在日本比较激进的是知识阶层眼中也是有些离经叛道的。
“我认为这很好。即便是整个日本都执行这种制度，也比让士族翻天要好上百倍千倍。”大久保利