届国会的选举， 由于宋教仁的主持有功， 选举结果国民党大获全胜。
在众议院，众议员共５９6人。国民党得２6９议席，共和党1２o议席，统一党得1８议席，**党得16议席，跨党者得1４７议席，无所属的２6席。
在参议院，参议员２７４人，国民党得1２３席，共和党得５５席，统一党得6席，**党得８席，跨党者３８席，无所属的４４席。
国民党在参众两院８７o议席中，共占了３９２席，共和、**、统一三党加起来在两院中也只２２３席，也就是说国民党有绝对票数可以影响参、众两院。
袁世凯在国会选举后，才知道**政治的特性，是一切决定于选民，国民党大胜后，他忧心忡忡，悄悄告诉杨度说：
“我不怕国民党用暴力来夺取政权，我只怕他们以合法手段赢得政权！”
但随后，宋教仁遇刺案生！
谁是杀害宋教仁的幕后元凶？
第一个怀疑对象当然非袁世凯莫属，因为他有太多理由要杀宋教仁。袁世凯曾经很欣赏宋教仁，并试图将他拉进自己的队伍中，譬如宋教仁在准备回湖南老家省亲时，袁世凯曾赠予其一本５o万元的银行支票，让宋教仁随意支用，可宋教仁除用了二三百元外。将支票基本原物退还。另外，袁世凯还为宋教仁订造西装，连尺码都量得非常准确，足见其用心良苦。
可惜的是，在袁世凯的亲善和拉拢下，宋教仁看起却来是如此的“不识抬举”，他在各地演说中，曾毫不忌讳的攻击袁世凯的政府并言动一时，由此引起袁世凯的恼怒与仇恨，似乎也在话中之意。如今，国民党在国会选举中获胜，宋教仁也即将成为一个难以对付的对手，袁世凯怎能不萌生杀意？
但是就当时而言，还不能认定袁大总统就是幕后凶手。道理很简单，如果在国会选举结束的敏感时期将宋教仁刺死，袁世凯的嫌疑无疑是最大的，若按他通常的办事手段，恐怕不至于出此下策。
还有一种说法，即同盟会元老陈其美刺杀的宋教仁。
在破获宋案时，国民党人挥了很大的作用，比如揭和抓获应桂馨、从应家搜到应桂馨与洪述祖及内务总长赵秉钧的大量密电函等，背后都有陈其美势力的影子。
至于后来抓住的凶手，是不是就是真的凶手。真相也许永远不会有人知道了
而在国民党内部，对宋教仁遇刺案当时也形成了两种不同意见。
党内的激进派主张武力解决，而原来的稳健派则主张法律解决，特别是那些新当选的国会议员，更是如此。在宋案生时，孙中山正在日本，他在得知消息后立刻返回国内，随即在上海的黄兴寓所召开会议，以讨论下一步的对策。
孙中山在得知案件过程后极为悲愤，他在会上极力主张起兵讨袁，几乎把去年与袁世凯相谈甚欢的事情忘了个一干二净。但是。参与会议的国民党高层，大多不赞成孙中山要动武的意见。特别是二号领袖黄兴，他认为目前案件的审理对国民党一方有