少年侦探团在山中露营,却遇上了命案，逃命时差一点被关在小木屋出不来，是灰原恢复了宫野志保的模样将他们救了出来。这份录像最后被波本看到。但还没等波本找到合理的让雪莉接受公安保护的方式,发现了波本行动异常的贝尔摩德就先发制人。
贝尔摩德先提出了要杀死雪莉,她又是真的知道灰原哀就是宫野志保,那么和她进行了一番谜语人之间对话的波本，自然也发觉自己没办法敷衍贝尔摩德，必须和贝尔摩德一起进行杀死雪莉的计划。
贝尔摩德将行动目标定在铃木特快发车的那一天。因为知道雪莉就是灰原哀的贝尔摩德，从波本这里逼出了情报,得知雪莉很有可能会参加这一次活动——那个视频里，雪莉的手指上带着铃木特快的邀请戒指。
特地用来做推理游戏的铃木特快，又被称为漆黑列车,每年一次,里面会有很多对推理感兴趣的人……也很适合在推理游戏里面“浑水摸鱼”。
就像是上一次，她利用游轮上的案件拖住柯南一样,这次她依然准备了案件,并且动手的人会是波本。
她和柯南有约定,她虽然没打算履行……却也没打算违约得太彻底。
琴酒被贝尔摩德要求不直接介入铃木特快，在列车上行动的只有贝尔摩德和波本……而在铃木特快上，就算柯南也在场，也很容易被列车本身的活动所吸引。她可以在这时候对雪莉下手。
甚至基德也参与进了计划中——贝尔摩德知道自己的这位小师弟会去偷铃木特快上的宝石,也知道柯南会很关注基德。这是双重保险：她和波本一起动手，列车上的游戏和基德共同转移柯南的注意力。
但赤井秀一在知道柯南和灰原哀会参与这次铃木特快的活动后，也做了一些准备。他早就知道灰原哀就是宫野志保,也一直在关注他。在柯南还在怀疑波本是否看到，是否会动手的时候，知道波本实力的赤井秀一判断,这次列车很适合成为组织的“猎场”。
而他决定以他对波本的了解和对组织的了解，很适合在这个场合来一次“反制”。
但话说回来，如果波本也是卧底……那他的选择，就和他曾经以为的不一样了。这其中的区别也需要考虑进去。
想起当初在威士忌组自己和波本争锋相对场面的赤井秀一，决定用自己作为饵料。不过波本是不是卧底，当他发现了“赤井秀一”的存在，他会，也必须做出反应。黑方的波本对赤井秀一恨之入骨，而如果波本是红方，那么他同样会利用“看到了赤井秀一”这一点想办法给雪莉逃生的机会（哪怕最后的目的同样是抓到雪莉），而这就是赤井秀一的机会。
不过上一次，boy说的……真纯也来了日本。
那么为了保证真纯的安全，他或许要多做一些准备。
仁王也收到了铃木园子的邀请。
“仁王老师要一起来玩吗？”园子说，“会很有意思的。”
“我对推理不太在行呢。”仁王说。