感到时机逐渐成熟的周瑜，于靖康五年十一月下旨，改中央官制为“三省六部制”。(ｙｑｋｘｓ)•(ｃｏm)
三省即中书省、门下省、尚书省。“中书取旨，门下封驳，尚书奉而行之”，是三省分工原则，从而彼此制约，以掌管国家大政。
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中书省主要负责秉承皇帝旨意起草诏敕，起草之责主要由中书舍人负担。中书令为中书省的长官，副长官为中书侍郎。作为皇帝身边最为亲近之人，体察上意、善传旨意这些皆是重要的能力，周瑜自是要任用才德兼备之人，一番斟酌之后，周瑜任命孙权为中书令，刘巴为中书侍郎。
门下省的长官为侍中，副长官为门下侍郎，主要职官有给事郎。门下省主要负责纠核朝臣奏章，复审中书诏敕，如认为不当，司以封还和加以驳正，称“封驳”。驳正之权主要由给事中掌握。
按周瑜之旨意，门下省有谏诤之责，以匡正皇帝的过失，其长官须得刚正不阿，不畏权贵，周瑜看遍朝中百官，却寻不到历史上辅佐唐高宗的魏征这一类宁死也要谏诤的人才，故此周瑜只得以才能、资历等来衡量选人，最后任命鲁肃为门下省侍中，虞翻为门下侍郎，以青年才俊司马懿、陆逊、赵咨等人为给事郎。
尚书省统管六部，其长官尚书令权责极大，为示恩宠，周瑜特将此职位封给了一直为其出谋划策立下大功的贾诩，尚书令的副手是左右仆射，分别由陈宫和诸葛瑾担任。
仆射之下有左右丞、左右司郎中、员外郎、负责都省职事，这些重要的职位，周瑜都一一亲自选定人员，以老带新，充分考虑了人员的继承性，确保职位不会出现空缺。
尚书省下设有的六部，分别为：吏部，负责考核、任免四品以下官员。户部，负责财政、国库。礼部，负责贡举、祭祀、典礼。兵部，负责军事。刑部，负责司法、审计事务。具体审判另有大理寺负责，重大案件组织刑部、御史台、大理寺会审，谓三司审。工部，负责工程建设。
可以说，吏户礼兵刑工这六部，是统治管理全国的实打实的核心部门！这六部的负责人，官职称尚书，副职称为侍郎。周瑜为了这六部的负责人选，可谓是花费了很多精力！
前期一直支持周瑜霸业的江东世家大族，肯定是不能不予考虑，当择其才高者上位。平定中原之后归附的人才，出于安定人心以及朝政平衡的考虑，也必须选出合适人选担当六部之要职。这些年月，经过藏书院的培养、在荆扬一带管理地方的青年官员，也有表现优异的，当提拔至朝廷予以重用。
吏户礼兵刑工六部每部的长官为尚书，副长官为侍郎，周瑜最终确定的六部主要官员如下：
吏部尚书：张昭，吏部侍郎：诸葛亮
户部尚书：吕范，户部侍郎：步鹫
礼部尚书：陈群，礼部侍郎：蒋琬
兵部尚书：甘宁，兵部侍郎：高顺
刑部尚书：法正，刑部侍郎：袁涣
工部尚书：刘晔，工部侍郎：费祎
三省六部架构及主官人选一
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