大明王朝真的已经到了风雨飘摇的地步。
李自成在潼关南原全军覆没，仅率十八人突围，收拾残部后，转移到陕西南部的商洛山中，休养生息。这年年底，他为了重整旗鼓，带了几十名随从，赶往谷城去会见张献忠。这两位同乡战友目前处境迥异，友情尚存。
张献忠设宴款待。酒过三巡，他拍拍李自成的背，戏言道：“李兄，何不随我而降，还仆仆奔走干嘛？”
李自成仰面大笑，连说：“不可，不可。”
此时此地两人心照不宣，李自成知道张献忠在谷城不过是权宜之计，并非真降，否则决不会冒失前来自投罗网；张献忠明知李自成决不会随他而降，开个玩笑而已。随后就接济他一批武器马匹，让他重整旗鼓，rì后也好遥相声援。
当时谷城县的士绅亲眼目睹李自成会见张献忠后从容离去，埋怨熊文灿无能，没有命令张献忠生擒李自成将功赎罪。这种埋怨，都是不明底细的空话。熊文灿徒唤奈何，不可能“调度得宜”；张献忠并非真降，不可能“缚闯自效”。
张献忠任用秀才潘独鳌、徐以显为谋士，要他们讲解孙吴兵法，打造三眼枪、狼牙棒、埋伏连弩，cāo练团营方阵、左右营法，rì夜策划有朝一rì重举义旗。谷城知县阮之钿目睹这一切，心中焦急，又无力干预，只好苦口婆心从旁劝说，要他走刘国能的道路，真心归降，他可以担保张献忠不死，何必自蹈不义！遭到张献忠一顿痛骂，阮之钿从此忧愤成疾。料定将来不免一死——不是死于张献忠之手。便是死于熊文灿之手，在谷城县衙墙壁上题诗一首：
“读尽圣贤书籍，成此浩然心xìng。勉哉杀身成仁。无负贤良方正。”
谷邑小臣阮之钿拜阙恭辞从此就蜗居家中，不理政事。
湖广巡抚余应桂身临其境，看得一清二楚。极力反对熊文灿的做法，写信给熊文灿，提醒他：张献忠必反，要他先下手为强。不料他的信使被张献忠巡逻士兵俘虏，张献忠马上据此向郧阳巡抚戴东旻告发：巡抚要杀我。熊文灿得知后，上疏弹劾余应桂“破坏抚局”。杨嗣昌本来就对余应桂先前曾经弹劾杨鹤心怀不满，怂恿皇帝逮捕余应桂。余应桂被逮捕后，列举许多证据，向朝廷说明张献忠必反的种种迹象。朝廷不予理睬。把他充军边疆了事。
总兵左良玉也看出张献忠“反迹大露”，多次催促熊文灿发兵袭击。熊文灿搪塞说：他虽怀贰心，但尚未开衅；你虽敢战斗。但部众未集。贸然出击。其他受抚各部必然作出反应，得不偿失。
等到熊文灿自己意识到形势不妙——“张献忠将复叛”。请求朝廷调集四川、陕西军队围剿时，为时已晚。
崇祯十二年，张献忠在谷城再度起义，摧毁城墙，抢劫仓库，释放囚犯。他在过去委曲求全，受到各级官僚敲诈勒索，起兵后，在通衢大道上张贴布告，公布索取贿赂的官员姓名、数量、rì期，向当地人民宣布：自己的起兵是熊文灿逼出来的，指责总理熊文灿yù壑难填，勒索贿赂数以万计