大约十五分钟之后，在横滨东南大约一千公里外，四个批次的两百架美军轰炸机陆续发射了携带的高超音速巡航导弹。
此时，横滨港内的舰艇正在为出港做准备。
虽然横滨港是中国海军在西太平洋上最大的军港之一，历史上还是日本海军与美国第七舰队的母港，基础设施非常完善，条件也非常优越。在中日战争结束之后，中国海军还花了很大的力气重建横滨港，比如把专门供航母停靠的深水码头增加到六条，完全按照太平洋舰队母港的标准进行建设。但是要想在这么短的时间内，让六支航母战斗群的上百艘战舰离开狭窄的港湾，几乎是不可能的事情。
所幸的是，中国海军已经有所防备。
在二十…之前，部署在扶桑地区的海军航空兵部队均已进入战备状态，回到海军航空站的六个舰载机联队也进入了警戒状态。当时，升空巡逻的战斗机已经超过一百架，还有更多的战斗机即将升空。除此之外，海军还出动了四架舰载预警机。当时，空军也从本土派遣了四架大型预警机。只是，空军的预警机在二十二点五十分才升空，最快也要两个小时之后才能赶到。
港口内，六艘“昆仑山” 级航母的准备速度最为缓慢。
当时，为了让航母先离港，除了停靠在水道附近的几艘战舰之外，其他战舰都靠在码头旁或者留在泊位上。
地面防空力量上，主要就是部署在附近的三套战区防空系统。
因为横滨附近没有陆战队驻地，也没有陆军营地，所以没有部署野战防空系统，也没有相应的近程防空装备。
二十…十五分，紧急升空的舰载预警机首先发现了逼近的导弹群。
因为巡航导弹的飞行速度太快，战斗机没有能够及时赶到，所以防空反导重任全部压在了战区防空系统上。
所幸的是，当时三套战区防空系统均已处于作战状态。
问题是，射来的巡航导弹多达二千四百枚
要知道，一套战区防空系统只有一百四十四枚备弹，即便时间充足、而且单发命中率达到了百分之百，也只能拦截四百三十二枚巡航导弹，仅相当于来袭导弹的零头，根本起不到多大作用。
这样一来，反导作战成了舰队自己的事情。
当时，预警机为舰队提供了大约两分钟的准备时间。
虽然从理论上讲，防空战舰在半分钟内就能做好战斗准备，使用远程防空导弹拦截来袭的巡航导弹，但是当所有战舰拥挤在港口里面的时候，远程防空系统根本用不上，战舰只能依靠末段拦截系统。
当时，首先投入战斗的是已经出港的四艘驱逐舰与四艘护卫舰。
因为这八艘战舰正好挡在了来袭导弹的飞行线路上，所以拦截效率比较高。根据海军的作战记录，在远程拦截中，四艘驱逐舰总共击落了一百三十八枚巡航导弹，随后又与四艘护卫舰共同拦截了一百二十二枚巡航导弹，在末段拦截中，四艘驱逐舰上的电磁速射炮还取得了上百个战果。