在改造中更换核反应堆堆芯，受艇体的结构寿命限制，也就最多服役十年。因为更换堆芯耗费巨大，而且工程期相当漫长，还将占用船厂的建造能力，所以非常不划算。此外，094型的基本技术相当落后，如果进行全面改造，费用肯定非常惊人。从效费比的角度出发，把094型改造成巡航导弹潜艇，还不如用新技术建造真正的巡航导弹潜艇。
虽然096型的改造效费比稍微好一些，在不更换堆芯的情况下，也能在改造后服役十年到十五年，如果更换堆芯则能服役二十年到二十五年，但是096型的保有量太少，而且在基础设计上仍然存在与094型相似的缺陷。要知道，096型与094型的差别并不大，中国海军规划中真正的主力战略核潜艇是后来的098型，而且计划在二零五零年之前，用098型取代所有战略核潜艇。
由此造成的影响就是，改造096型的效益也不明显。
另外，是否装备巡航导弹潜艇，也与中国海军的战术需求有关。
从很大的程度上讲，中国海军仍然是一支区域性海军，主要在本土附近活动，暂时还没有美国海军那样的全球作战能力，也不具备在远离本土或者海外基地的地方的作战能力，也就对远程打击能力没有多高的要求。
说得直接一些，在中国海军的主要作战区域内，都能得到岸基航空兵的支持与掩护。
如此一来，海军只是打击力量中的一部分，而以航母为核心的舰队，已经有足够多的能力完成打击任务了。
显然，中国海军没有必要装备巡航导弹潜艇。
从使用上看，与其耗费巨资建造巡航导弹潜艇，还不如花同样多的钱采购轰炸机与反潜巡逻机。
要知道，在打击用途上，携带巡航导弹的轰炸机与反潜巡逻机的作战效率不比巡航导弹潜艇低多少。因为与潜艇的通信非常困难，而且潜艇的航行速度远不如空中平台，所以在作战灵活性上，巡航导弹潜艇更加没有优势可言。从战术性能上讲，巡航导弹潜艇唯一的优势就是隐蔽性，可是在巡航导弹的射程普遍超过了一千公里，一些速度较慢的巡航导弹的射程甚至能够打到三千公里以外，导弹运载平台根本不用靠近目标、甚至不用进入战区，隐蔽性也就没有多少价值了。
事实上，巡航导弹潜艇的主要价值在战略上，即对潜在敌国进行突然打击。
问题是，在核武器已经成为历史的情况下，巡航导弹潜艇携带的一百多枚巡航导弹根本不可能毁灭一个国家，战略打击能力还不如一支轰炸机群，或者是一支航母战斗群，因此其存在的价值本身就不高。
当然，美国海军的情况与中国海军并不一样。
在全面销毁核武器公约生效的时候，已经有八艘“艾伦” 级服役，另外四艘也完成了船台建造。更重要的是，已经服役的八艘“艾伦” 级的平均役龄还不到五年，其艇体与堆芯设计寿命都是五十年。也就是说，根本不需要进行全面改造，只需要把潜射弹道导弹装置改为巡航导弹发射装置，这