， 孙元化任命孔有德被为骑兵参将。(耿仲明则被派往登州要塞驻防)
孔有德受李九成、李应元父子的煽动， 在吴桥发动叛变，在山东境内连陷临邑、陵县、商河、青城诸城，率兵直趋登州数城，而此前不久皮岛的东江军也发生兵变，本来就与他们不睦的东江总兵黄龙遭叛兵割去耳鼻，幸得素与孔有德的不和的东江军尚可义等部救援方得免。
孔有德率部倒戈杀回山东，山东参将陶廷鑨率数千人往御叛军于阮城店，但山东兵不堪一击，数千人马一哄而散，山东巡抚余大成惊恐万分，托疾数日不能出，等到实在不得已了，才派遣中军沈廷谕去招抚孔有德、李九成。
孔有德根本不理会余大成的招抚，直驱登州城下，登莱巡抚孙元化急令总兵官张焘率辽兵守登州城外，遗总兵官张可大发部抗击，以两路成合击之势，但张焘与孔有德有旧，交战后其兵卒随即投入孔有德行列，对张可大部反戈一击，张可大部大败。，与孔有德是旧交的登州中军耿仲明、陈光福等人立即举火开门，登州便告失陷。孔有德还掳获了官兵七千人、战马三千匹、饷银十万两、红夷大炮二十余门，西洋炮三百门，杀死葡萄牙军事教官多人总兵张可上吊自尽，孙元化自杀未成被俘。
孔有德的叛军攻克登州后，一边搜罗第东江兵逃离东江镇的乱卒扩充实力，一面转而围攻另一要塞莱州。崇祯五年正月，官军集中山东、保定、天津诸镇在登莱的数万兵力野战，久不征战的关内兵一战大败，几乎形成第二个“萨尔浒”，官军败回莱州者仅有数百人，山东巡抚徐从治，莱州知府朱万年只好据城死战。
东江镇旅顺副将陈有时和广鹿岛副将毛承禄也起兵响应，该部一举发展为七八千人的大军，一度割据半个东江镇，与山东孔有德叛军南北呼应，总兵黄龙一时间居然只剩下皮岛和几个游击在那里苦苦支撑，这样被弹压下去的毛文龙旧部有开始大规模兴风作浪了。
崇祯四年十一月，林丹汗单独出兵为了用武力夺回阿鲁诸部台吉，兴师到达阿鲁科尔沁达赉楚琥尔牧地，带走了塞棱阿巴海的部众，皇太极派轻骑追击时，林丹汗早已率领部众越过兴安岭而去。
崇祯五年三月，皇太极讨伐林丹汗，传令归顺大金的蒙古各部出兵，四月札鲁特、巴林、奈曼、敖汉、喀喇沁、土默特、阿鲁科尔沁、翁牛特、阿苏特等部的部长台吉会于西拉木伦河岸，总兵力达到十万之众。四月下旬，皇太极率领大军越过兴安岭，驻守都埒河，林丹汗率领十万之众来战皇太极，因为与喀尔喀三汗不和，林丹汗遭到建虏、蒙古叛军两面夹击，林丹汗军大败，西奔库赫德尔苏，经呼和浩特，渡黄河到达鄂尔多斯。
皇太极分兵三路穷追林丹汗一月多天，五月下旬进驻呼和浩特，林丹汗闻讯已南渡黄河远遁，这时皇太极才停止的追击，收拢林丹汗残部得兵数万，建虏大军回返盛京，途径宣大、张家口，盯上了逃往丰镇的林丹汗后账娜木钟所部。
娜木钟的后帐是林丹汗兵败后，就南下跟哈日珠拉银帐会合的，凭着娜木