硕特部顾实汗准备兵伐土谢图汗部的消息，和硕特部顾实汗兵败，逃回准噶尔之后，又以**五世、班禅四世赠予的“丹增却杰”（执敬法王）称号率和硕特部兵马南进青海，进而占据西藏地区。
这些年顾实汗原据青海与黄教为敌的喀尔喀部却图汗，并其部众四万人，灭康区百利土司顿月多吉，灭与黄教为敌的藏巴汗，掌握西藏地方政权，大力扶植黄教，至崇祯九年时，顾实汗统一准噶尔和西藏地区，拥兵四十余万之众，得知薛云东归，急于复仇的顾实汗准备大军齐出，灭薛家军、灭土谢图汗部。灭库伦城，果然余勇可贾顾实汗不介意灭掉大明，见了一个政教合一的大蒙古国。
薛云不得不放弃了返回大明的计划，拔掉昔日入侵土谢图汗部最后一个毒瘤，崇祯十年四月在土谢图汗部西部，顾实汗的四十余万之众，对上了薛家军的二十万大军，除了薛家军十万火枪兵，还有土谢图汗部和车臣部、扎萨克图部和薛家军土谢图汗部军区的十万联军，顾实汗自持兵多将广，认为灭薛家军联军只在旦夕之间。
战争的结果让顾实汗肝胆俱裂，顾实汗知道薛家军火枪厉害，自己也见识过火枪的，而且自己手下也有两千火枪兵，可是面对薛家军十万火枪兵，这根本不是一个级别的战斗，顾实汗败了，败得很惨，四十余万大军损失怡尽。
顾实汗只率领一万多人逃入西藏，薛家军乘胜追击也杀入了西藏腹地，顾实汗逃到哪里，薛家军就追到哪里，到崇祯十年冬，薛家军利用追杀顾实汗，重创了西藏黄教，西藏的其他教派也深受打击，西藏的政教合一基础被摧毁。
崇祯十一年春，薛家军千里突袭藏南，顾实汗最后的数千死党家属，被薛家军一举歼灭，薛云认为已经统一了西藏，正准备立即班师回朝，迎接建虏入侵京畿的这次大考，哪知道仇视薛云的**五世准备在布达拉宫宴请薛云时叛乱。
薛云洞悉了**五世的阴谋，立刻软禁了**五世，对**喇嘛的格鲁派（黄教）再次清洗，从此西藏黄教一蹶不振，而班禅额尔德尼的格鲁派靠近薛家军趁机崛起，后来成了西藏第一大教，因为依靠外来势力，班禅额尔德尼的格鲁派几百年后依然饱受本土顽固派的质疑。
薛云留下哈丹昭日格等一万薛家军驻守西藏，自己率领大军返回土谢图汗部，因为**五世叛乱的耽搁，到达土谢图汗部时，已经是崇祯十一年九月，薛云只在库伦城休息了五天，就率领十万大军返回大明。
薛云考虑让苔丝娜的儿子薛猛做藏王，把苔丝娜留在了库伦城，等薛猛大一些，西藏稳定一些后入藏；而娜仁高娃、布木布泰、郎氏随军返回大明，薛家军沿着外蒙古行军，进入寒冬的蒙古草原，让薛家军的行军速度缓慢，牲口和士兵的伤冻非常严重，崇祯十一年腊月，薛家军到达科尔沁边境，损失牲口三万多，牺牲战士一千人，还有一万人不同程度的冻伤。
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