旧部由副将陈继盛统辖。但不久，参将刘兴治在皮岛发动叛乱，杀陈继盛等十余人。总兵黄龙随即赴皮岛镇压，皮岛乱兵一哄而散。(ｙｑｋｘｓ)•(com)
孔有德、耿仲明原籍山东，矿徒出身，曾是辽东海盗，后投毛文龙，与尚可喜一起，被称为“山东三矿徒”，是毛文龙手下的骨干将领。孔、耿因不服黄龙统辖，便叛离皮岛，率部来投登莱巡抚孙元化。
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登州乃山东重要军事要塞之一。在天启初，为了协调对后金的作战，在山东设登州、莱州巡抚，援助辽东前线。当时任登莱巡抚的是孙元化，嘉定人，举人出身，被任命之前曾任宁前道兵备副使。
而就是这位对火器颇有研究的孙元化，竟接收了皮岛的叛将孔有德、耿仲明，并委以重任。孔有德被任命为骑兵参将，耿仲明则被派往登州要塞。
大凌河被围后，同属孙承宗指挥的登莱巡抚孙元化，急令游击孔有德赶赴前线增援。孔有德奉命北上，抵达吴桥时，因遇雨雪，部队给养供不上，士兵开始抢劫。在另一位与孔有德有相同经历的毛文龙旧部李九成地煽动之下，孔有德正式叛乱，随即杀回山东半岛。
孔有德还兵大掠，先后攻陷陵县、临邑、商河，接着又杀入齐东，包围德平，不久又舍德平而去，攻陷青城、新城，向半岛杀去。
山东巡抚余大成、登莱巡抚孙元化闻变，非常紧张，立即派兵来鲁北应变。当时两人都不愿把事情闹大，力主安抚孔有德，并令沿途州县，不得出兵邀击，以免激化矛盾。孔有德将计就计，假装投降，迷惑孙元化，而实际上却率兵直趋登州。由于沿途州县不敢出兵拦截，让出通道，孔有德便顺利杀到登州城下。
孙元化急令部将张焘率辽兵守登州城外，总兵官张可大也发南兵抗击。两路成合击之势。张进兵稍胜，却下令退兵，张可大失去策应，被孔有德杀得大败。形势陡然紧张起来。
张焘的兵卒，多是辽东籍，与孔有德部关系不错。他们见此情形，纷纷投入孔有德的叛军行列。孔有德便令这些降卒再混入登州城中，作为内应。而孙元化不察敌情，不听劝告，同意这些早已从叛的散卒进城。
与孔有德是旧交地登州中军耿仲明，及都司陈光福等，立即策应，举火开门，让叛军从东门攻入登州城，登州便告失陷。
孙元化是南直隶嘉定人，山东巡抚余大成是南直隶江宁人，总兵官张可大是南京羽林卫军籍。这三位南直隶人。在这场兵变中。根本不是山东、辽东人的对手，被孔有德等骗得团团转。
登州沦陷后，孙元化自杀未成。与同城命官一起被俘。只有总兵张可大在斩杀其
后，在其官署上吊自杀。
孔有德令孙元化致书余大成，要求和谈。余大成见事已闹大，便上疏朝廷。崇祯大怒，撤掉了余大成、孙元化两人之职。孔有德见孙元化已无利用价值，念其旧日收留之情。放其出城，放了他一马。可是崇祯帝却不会放过他。他与余大成两人被逮到京师，最后余大成被充军，孙元化被斩首弃市。
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