李自成的起义军进城后，一面出榜安民，叫大家安居乐业；一面严惩明王朝的皇亲国戚、贪官污吏。当时吴三桂的父亲吴襄，被刘宗敏抄了家产。有人告诉李自成说，吴襄的儿子吴三挂是明朝的山海关总兵，手下还有几十万大军。如果把吴三桂招降了，岂不是解除了大顺*一个威胁。
李自成觉得这个主意很有道理，就叫吴襄给他儿子写信，劝说他向起义军投降。吴三桂收到吴襄的劝降信，倒犹豫起来。既然李自成来招降，不如到北京去看看情况再说。于是，吴三桂带兵到了滦州，离北京越来越近，就遇到一些从北京逃出来的人。吴三桂找来一问，听说他父亲吴襄被抓，家产被抄，恨得咬牙切齿；接着，又听说他最宠爱的歌姬陈圆圆也被起义军抓走，更是怒气冲天，立刻下令退回山海关，并且要将士们一律换上白盔白甲，说是要给死去的崇祯帝报仇。
李自成得知吴三桂拒绝投降，决定亲自带二十多万大军，进攻山海关。吴三桂于是请求清朝帮助他*起义军。清朝辅政的亲王多尔衮接到吴三桂的求救信，觉得机会来到，立刻回信同意。接着，他亲自带着十几万清兵，日夜不停地向山海关进兵。山海关下，吴三桂和多尔衮祭拜天地，订立了同盟。
山海关一战，李自成的军队在吴三桂和清军的夹击下遭到惨重失败。李自成带领将士边战边退。吴三桂仗着清兵的势，在后面紧紧追赶。起义军回到北京，兵力已经大大削弱。李自成回北京后第二天一清早就率领起义军，离开北京，向西安撤退。
李自成离开北京的第三天，多尔衮带领清兵开进北京城。公元1*4年十月，清朝把都城迁往北京，开始它在的统治。
第二年，清朝分兵两路攻打西安。李自成率领农民军在潼关抗击清军，经过激烈战斗，终于被迫放弃西安，向襄阳转移。过了几个月，农民军在湖北通山县九宫山，遭到当地地主武装袭击，李自成战败牺牲。！