秦始皇和李斯等大臣们一致认为，皇室和朝廷应该分开。皇帝是国家唯一的最高的统治者，是国家的象征，而朝廷主掌国家的实际政权，负责一切实际的责任。朝廷的最高领是丞相，其次是主掌军权的太尉（太尉有带兵权，没有调兵权），主掌监察大权的御史大夫，就是“三公”。皇权和相权便依此原则而划分。
本朝依秦制。在建国之初，也是皇权和相权分开，互相制约。
本朝皇帝有六尚，（尚是掌管的意思，相当于现在的秘书，尚书台相当于秘书处。）分别是尚衣、尚食、尚冠、尚席、尚浴与尚书。前五尚负责皇帝的衣服饮食起居，只有尚书是管文书的，算是皇帝真正的“秘书”。从这里可以看出，皇帝只有一个职权有限的尚书台。
本朝丞相府有十三曹，组织庞大，职权广泛。比如东曹，主二千石长吏北除，并包括军吏在内。秩俸二千石的官在当时已经包括九卿了，由此可见朝廷一切官吏任免升降，都要经过丞相。再比如奏曹，它负责管理朝廷的一切章奏。还有其他诸如户曹、词曹、法曹等等，各有主掌，几乎揽括了国家所有政务。从这十三曹的名称、职权就可以看出，国家政务主要由丞相和丞相府诸曹处理，而并不是由皇帝亲自处理。
皇权和相权分开，皇室和朝廷分开的一段时期，正是本朝最辉焊的一段时期。
到了孝武皇帝后，情况突然生了变化，孝武皇帝雄才大略，要建万世功业。他嫌丞相碍手碍脚，把丞相的权力抢去了。外廷的九卿大臣直接接受内廷指令，内廷随即权重，尚书台几乎代替了丞相府的所有职权。
皇帝既然把丞相的权力抢去了，当然也不会让丞相干涉皇室的事了，所以孝武皇帝驾崩前，以霍光为大司马大将军辅政。这样一来，外廷有丞相，内廷有大司马，皇室和朝廷时常生冲突。这种冲突到了孝昭皇帝死后，达到了极致。
孝昭皇帝死后，立昌邑王为帝。昌邑王刘贺在即位的二十一天内做了一千一百二十一件不该做的荒唐事，于是被废，改立孝武皇帝时的废太子刘据之子刘询为帝。霍光当时召集九卿商议废黜天子重建皇统的事，说皇统继承是皇室私人的事，把丞相抛到了一边。
皇室之存在，是因为有皇帝，皇帝之存在，是因为有朝廷，所以皇统继承是朝廷的事，并非皇室私事。皇帝世袭，乃依据大汉律法，如果遇到皇帝没有子嗣或者其他变化的时候，皇统继承一事应该由朝廷公议，但霍光无视律法祖制，恣意妄为。
霍光以大司马大将军辅政的名义掌领内廷的尚书台，他不让朝廷参与皇室事，却代表皇室过问朝廷事，如是则皇室越在朝廷之上。本来尚书台的尚书只是皇帝的内廷秘书，而内廷诸职又隶属于御史中丞，现在御史中丞成了摆设，皇帝成了聋子，皇帝当然不愿意了。于是孝宣帝便恢复旧制，仍有御史中丞统领尚书，诸事由御史中丞呈御史大夫，再到丞相，内廷与外朝随即声气相通。如此则大司马大将军权柄渐轻。
孝宣皇帝亲政二十年，吏治清明，百姓安居，国